牟尼沟不仅自然风光瑰丽，还有浓郁的宗教文化氛围，藏传佛教在此与自然美景融合在一起，形成极其独特的韵味。牟尼沟的藏传佛教主要是格鲁教派，即"黄教"，主要寺庙有肖包寺和牟尼后寺，它们是黄龙景区较有影响的寺庙。主要节日有每年农历五月十五日的卓锦节等。
肖包寺
肖包寺距牟尼沟3.7公里，至今已有449余年历史。寺院内有一块"佛石"，上面有天然生成的佛教图像，肖包寺因此而得名("肖"即"佛石"、"包"即佛石的图像)。
肖包寺由于地处牟尼沟旅游必经之地，加之地势开阔，既有草地风光，又兼具了峡谷景观，吸引不少游人前来。
牟尼后寺
牟尼后寺位于扎嘎沟内，海拔3045米，寺院背面是茂密的原始森林，正面是隆岗沟，左面是气势宏伟的扎嘎瀑布。始建于1663年，寺内藏有大量珍贵藏传佛教文物。牟尼后寺每年农历1月15日和7月15日都会举行大型宗教活动。
牟尼沟的自然风光、民族风情绝不逊于九寨沟和黄龙，甚至比九寨沟更为清净，且无冬季路途结冰而封山的苦恼。景区的森林、山岳、草甸、温泉、藏族佛教寺院和藏式村落，绝妙地融合为一体。
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